Das ist eine Datei, die standardmaessig von gdb gelesen wird, wenn er startet. Man kann da z.B. eigene Befehle definieren, oder Einstellungen aendern. Wenn Du das nicht willst, brauchst Du's nicht. Vielleicht kannst Du Eclipse ruhigstellen, indem Du einfach eine leere .gdbinit-Datei anlegst ("touch ~/.gdbinit"). Stoeren wuerde die jedenfalls nicht.