Dazu musst du als allererstes wissen, wie die Dateien strukturiert sind.
Z.B. ob die Informationen in Listenform dargestellt, die einzelnen Werte Komma-separiert, oder am Ende binär kodiert, etc.
Dafür solltest du irgendwo eine Spezfikation deines Formates haben (sonst hat es alles keinen Sinn.)
Auch musst du wissen, ob die beiden Dateien überhaupt vergleichbar sind.
Wenn du eine relationale SQLite-Datenbank mit dem als Excel gespeicherten Einkaufszettel vergleichen willst, hast du ein ziemliches Problem
Sobald du die einzelnen Spezifikationen hast, kannst du anfangen zu strukturieren. Anhand der gewonnenen Infos wirst du dir dann Stück für Stück eine eigene kleine Spezifikation schreiben können.
Wenn du eh nur 2 Formate hast, kannst du dir ja das aussuchen, welches dir am besten gefällt, dann kannst du das andere in dieses Format konvertieren. (Kannst das natürlich auch bei vielen Formaten machen).
Aber das ganze ist sicher nicht so trivial, wie du dir das vllt. vorstellst (außer es sind wirklich einfache Spezifikationen, wo ein Element einfach nur anders heißt (z.B. Statt "Turnschuh" dann "Laufschuh")).
Du willst dir ja dann auch die Unterschiede "mergen" (zusammenführen).
Und du musst dir auch überlegen, wie so ein Unterschied überhaupt darzustellen ist.
Z.B. bei XML wirst du dir bei einem Unterschied am Ende eines Astes den kompletten Ast in den diff reinholen dürfen...
Viel Erfolg
Franz