Genom-Sequenzanalyse-/Kartierungsprojekt

[slash-ex]

Ich hatte im Rahmen meiner Bachelorarbeit in der Gentechnik angefangen an einem kleinen Programm zu schreiben,
mit dem man Nukleotidsequenzen in einer Sequenz bei laufender Eingabe finden, markieren
und (falls es sich um Restriktionsstellen handelt) evtl. die Bandenlängen errechnen kann.
Dann hatte ich angefangen mein neuronales Netz einzubinden, um ähnliche Sequenzen zu suchen.
Es ist außerdem möglich sich die Peptidsequenzen zu den passenden Codons (die in einer CodonTable als Datei festgelegt wurden) ausgeben zu lassen.
Frameshifts werden berücksichtigt. Das Programm ist noch in der Entwicklung und falls jemand Interesse hat, kann er gerne mit helfen.
Ich weis selber noch nicht genau, was aus dem Projekt werden soll, da es eher ein kleines Nischenprojekt ist.
Die meisten anderen Programme dieser Art haben aber den Nachteil, dass sie meist nicht Plattformunabh. sind und nicht jede Funktionsnische dieses Projekts füllen.

Ich stell hier mal noch ein paar Screens rein:



Gezeigt sind fast alle Widgets. Rechts: Restriktionsinfos, rechts unten: Widget für Sequenzsuche (Art kleine Skriptsprache), unten: Sequenzdaten wie sie zB aus einem NCBI-File entnommen wurden

Es besteht natürlich die Möglichkeit sich automatisch Übersichtskarten erzeugen zu lassen, in denen die Sites dann alle hervorgehoben werden.

Einmal eine lineare Ansicht. (Benennungslinien ordnen sich immer untereinander an.)

Und dann eine circuläre Ansicht.